സന്നിധാനം തിരുസന്നിധിയില്‍ എത്തുന്ന ഭക്തര്‍ക്ക് ഏറെ പ്രിയപ്പെട്ട അര്‍ച്ചനയാണ് പുഷ്പാഭിഷേകം. ഉദ്ദിഷ്ടകാര്യ സിദ്ധിക്ക് സ്വാമി അയ്യപ്പന് ഏറ്റവും പ്രിയപ്പെട്ട അഭിഷേകമാണ് പുഷ്പാഭിഷേകമെന്നാണ് ഐതിഹ്യം.

തന്ത്രിയുടെ മുഖ്യ കാര്‍മികത്വത്തില്‍ എല്ലാ ദിവസവും വൈകിട്ട് ഏഴ് മുതല്‍ ഒന്‍പത് മണി വരെയാണ് പുഷ്പാഭിഷേകം നടത്തുന്നത്. പുഷ്പാഭിഷേകം ചെയ്യുന്ന ഒരു സംഘത്തിലെ അഞ്ച് പേര്‍ക്ക് പ്രത്യേക ദര്‍ശനവും, വിശേഷ പൂജകളും നടത്തും. 12,500 രൂപയാണ് ഒരു പുഷ്പാഭിഷേകത്തിന്റെ ചിലവ്.

എട്ടുതരം പൂക്കളാണ് പുഷ്പാര്‍ച്ചനയ്ക്ക് പ്രധാനമായും ഉപയോഗിക്കുന്നത്–താമര, തെറ്റി, തുളസി, കൂവളം, അരുളി, ജമന്തി, മുല്ല, റോസ്. ഇവയെല്ലാം കേരളത്തിന്റെ അതിര്‍ത്തി കടന്നാണ് എത്തുന്നത്. കമ്പം, ദിണ്ടിഗല്‍, ഹോസൂര്‍ തുടങ്ങിയ തോട്ടങ്ങളില്‍ നിന്ന് നേരിട്ട് ശേഖരിച്ച് പമ്പയില്‍ എത്തും. ഇവിടെ നിന്നും ട്രാക്ടറില്‍ അയ്യന്റെ തിരുസന്നിധിയിലേക്ക്.

പ്രതിദിനം ശരാശരി 12 പുഷ്പാര്‍ച്ചനയാണ് സന്നിധാനത്ത് നടത്തുന്നത്. നവംബര്‍ 17 മുതല്‍ ഡിസംബര്‍ മൂന്ന് വരെ 461 പുഷ്പാര്‍ച്ചകള്‍ നടന്നു.

പുഷ്പാര്‍ച്ചനയ്ക്ക് പുറമേ അഷ്ടാഭിഷേകം, കളഭാഭിഷേകം, നെയ്യഭിഷേകം, മാളികപ്പുറത്ത് ഭഗവതിസേവ എന്നിവയും ശബരിമലയിലെ പ്രധാന പൂജകളാണ്. അഷ്ടാഭിഷേകം രാവിലെ 5.30 മുതല്‍ 11.30 വരെയും, കളഭാഭിഷേകം 12.30 നും, നെയ് അഭിഷേകം പുലര്‍ച്ചെ 3.30 മുതല്‍ 7 വരെയുമാണ് നടത്തുന്നത്.